As atividades de pesquisa do Mestrado Acadêmico e Doutorado estão organizadas em torno de cinco linhas de pesquisa, com ampla abrangência de investigação em Ecologia. Em três linhas, as relações entre organismos e ambiente são avaliadas em diferentes níveis de organização biológica: grupos sociais, indivíduos e níveis inferiores a indivíduos (Ecofisiologia e Comportamento Animal), populações e comunidades (Ecologia de Populações e Comunidades e Ecologia das Interações). Uma quarta linha trata do monitoramento da estrutura e processos nesses diferentes níveis de organização (Ecotoxicologia e Biomonitoramento). A quinta linha, associada a um menor número de docentes, mas considerada um diferencial do Programa, inclui estudos sobre processos relacionados à produção e transmissão de conhecimento em ecologia (Epistemologia, Teoria Ecológica e Ensino).
As atividades de pesquisa do Mestrado Profissional estão associadas à linha de pesquisa Ecologia Aplicada à Gestão Ambiental. Essa linha trata da aplicação dos conhecimentos associados às linhas dos cursos acadêmicos à resolução de problemas práticos de gestão ambiental.
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As atividades de pesquisa do Mestrado Acadêmico e Doutorado estão organizadas em torno de seis linhas de pesquisa, com ampla abrangência de investigação em Ecologia. Em três linhas, as relações entre organismos e ambiente são avaliadas em diferentes níveis de organização biológica: grupos sociais, indivíduos e níveis inferiores a indivíduos (Ecofisiologia e Comportamento Animal), populações e comunidades (Ecologia de Populações e Comunidades e Ecologia das Interações). Uma quarta linha trata do monitoramento da estrutura e processos nesses diferentes níveis de organização (Ecotoxicologia e Biomonitoramento). A quinta linha, associada a um menor número de docentes, mas considerada um diferencial do Programa, inclui estudos sobre processos relacionados à produção e transmissão de conhecimento em ecologia (Epistemologia, Teoria Ecológica e Ensino). A linha de pesquisa "Ecologia Aplicada à Gestão Ambiental" trata da aplicação dos conhecimentos associados às linhas dos cursos acadêmicos à resolução de problemas práticos de gestão ambiental, e está diretamente ligada às atividades do Mestrado Profissional.