TWiki> LabioComp Web>NossoCluster (10 Apr 2012, RodrigoZucoloto? )EditAttach

Cluster (Em desenvolvimento)

O GENEV está equipado com um cluster para computação científica rodando em linux Debian Squeeze. Contamos hoje com duas CPUs em funcionamento para acesso aos usuários, um servidor de rede para o cluster (clustermaster) e um servidor para a disctribuição de trabalhos para o cluster (darthvader). O cluster própriamente dito é constituido por 23 CPUs 800 Mhz interligadas via hubs 10/100 mbps de 48 portas.

Estágio de desenvolvimento do cluster

ClusterMaster Estado DarthVader Estado Observações text
Servidor DHCP - Guilherme não OpenLdap? - Rafael sim    
Webmin - Guilherme sim NFS - Guilherme sim    
SSH sem senha - Vitor (Pelo root e por fora do Ldap) sim SSH sem senha - Vitor (Depende de OpenLdap? e NFS) sim    
NFS - Guilherme não Webmin - Vitor sim    
Zabbix (Monitoramento) - Rafael sim Torque - Guilherme sim    
VPN (Controle de acesso) - Rafael sim Servidor DHCP - Guilherme e Rafael sim    
           
           
           

Triagem de Softwares

Tarefa: Completar a tabela abaixo com as informações solicitadas. Clique no botão edit abaixo da tabela.

Software Plataforma Licença Paralelizado Comentários
Arlequin windows, unix/linux , mac proprietária não Software de genética das populações. Proprietário, mas grátis. Aparentemente é feito em C++ e Java.
Bioedit windows proprietária não Editor de alinhamento de seqüencias usa clustalW e blast. Para 95/98/NT/2000/XP. Aparentemente é freeware sem disponibilização de código fonte.
BIOSYS 1        
Clustalx windows, unix/linux , mac   não O Clustalw é um programa largamente usado para alinhar sequências e possui uma interface gráfica chamada Clustax. ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/[Disponível em]]
Cópia da licença
DAMBE        
DNAsp        
DNAstar        
GDA        
Gemoda   GPL não unix/linux based system for finding motifs in a genetic sequence. (ie. identify motifs in promoters.
GENEPOP        
GEODIS        
HY PHY        
Macclade        
Mega        
Modeltest        
Paup windows, unix/linux , mac proprietária não Ferramentas para interpretação de árvores filogenéticas. A versão pra linux está sendo vendida por USD150
Phylip        
Seqpup        
Simplot        
Strap unix/linux , mac GPL não Feito em Java, BioJava? , scriptável. Acredito ser uma ferramenta ideal a ser facilmente paralelizada.
The free computer program STRAP supports the analysis of hundreds of proteins and integrates amino acid sequence, secondary structure, 3D-structure and genomic- and mRNA-sequence and residue annotation.
Tree puzzle        

Algumas distribuições para cluster e bioinformática:

- PelicanHPC? : http://idea.uab.es/mcreel/ParallelKnoppix/

- birgHPC: http://birg1.fbb.utm.my/birghpc/

- Biobrew: http://linux.softpedia.com/progDownload/BioBrew-Linux-Download-2059.html

Links interessantes:

- https://springerlink3.metapress.com/content/wwuewa4120yak2b1/resource-secured/?target=fulltext.pdf&sid=5kgbrpeox01e0dl3nbwnwxsc&sh=www.springerlink.co

- http://dl.acm.org/citation.cfm?id=1244038&dl=ACM&coll=DL&CFID=45851892&CFTOKEN=99246229

- http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/

- http://dgp.cnpq.br/buscaoperacional/detalhegrupo.jsp?grupo=8699103FMW8HOY

- http://hpc.cs.tsinghua.edu.cn/research/cluster/pbb/index.html

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Topic revision: r18 - 10 Apr 2012 - 08:36:18 - RodrigoZucoloto?
 
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